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無細(xì)胞DNA檢測病原體并量化損傷

時(shí)間:2019-9-16閱讀:182
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  紐約ITHACA - 診斷傳染病的一個(gè)常見問題是,體內(nèi)存在潛在的病原體并不一定意味著患者生病。這對(duì)于器官yi植受者的治療尤其具有挑戰(zhàn)性,因?yàn)槠鞴賧i植受者經(jīng)常與感染以及與免疫抑制相關(guān)的并發(fā)癥進(jìn)行治療。
 
  8月26日發(fā)表在美國國家*院刊上的一項(xiàng)新的康奈爾研究“無細(xì)胞DNA宏基因組序列測定,將宿主損傷反應(yīng)與感染相結(jié)合”,提出了一種識(shí)別人體內(nèi)病毒和細(xì)菌的技術(shù)。通過使用稱為無細(xì)胞DNA的死亡DNA片段(在整個(gè)血液和尿液中漫游)來量化器官損傷。
 
  由此產(chǎn)生的測試簡單,快速,成本低,并且足以識(shí)別數(shù)以千計(jì)的細(xì)菌和病毒。
 
  “這真的是通過與臨床醫(yī)生的合作實(shí)現(xiàn)的,他們向我們解釋了這一傳染病診斷中的常見問題,”共同*作者Iwijn De Vlaminck說,他是Meinig生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)院生命科學(xué)與技術(shù)助理教授Robert N. Noyce 。“因此,我們開發(fā)了一種檢測方法,可同時(shí)告知我們各種病原體的存在與否,但同時(shí)也會(huì)告訴我們不同宿主組織的損傷情況。綜合信息使我們能夠更明確地說明一個(gè)人是否正在處理疾病。“
 
  De Vlaminck和他的團(tuán)隊(duì)與Weill Cornell Medicine的研究人員合作,專注于腎移植患者的尿路感染。
 
  主要作者和博士學(xué)生Alex Cheng使用高通量DNA測序來鑒定臨床樣品中存在的任何微生物,并通過亞硫酸氫鹽測序?qū)⑵渑c宿主DNA區(qū)分開來,這是一個(gè)用鹽處理無細(xì)胞DNA以揭示甲基化標(biāo)記的過程。這些標(biāo)記幫助研究人員追蹤無細(xì)胞DNA的起源組織并測量對(duì)不同宿主組織的損傷程度。
 
  “在現(xiàn)場,試圖診斷傳染病的醫(yī)生和經(jīng)營微生物實(shí)驗(yàn)室的人對(duì)使用基因組醫(yī)學(xué)方法進(jìn)行診斷越來越感到興奮,”De Vlaminck說。“但是,評(píng)估該生物體是否真正導(dǎo)致疾病仍然存在很大差距。
 
  “這真的是一個(gè)關(guān)鍵問題,”他說。“因?yàn)橛行┥镏皇枪采w,它們與宿主并存。我們的內(nèi)臟充滿了微生物,但這些微生物可能不是你患病的原因。在某種程度上,你被感染了。你'重新殖民,但這只是正常生物學(xué)的一部分。“
 
  該測試是如此普遍,以至于幾乎任何具有DNA基因組的生物都可以被鑒定出來。
 
  “傳染病是疾病負(fù)擔(dān)的主要原因,”程說。“它們幾乎影響到每一個(gè)人群,并且它們不是很容易理解。因此,進(jìn)行一項(xiàng)可以幫助這一大量和廣泛人群的測試令人興奮。”
 
  “移植受者,因?yàn)樾枰K身藥物治療來保護(hù)他們的移植器官,因此一直存在感染相關(guān)并發(fā)癥的風(fēng)險(xiǎn),”共同作者,腎臟病,高血壓和移植醫(yī)學(xué)主任Manidkam Suthanthiran博士和Stanton Griffis Ditinguished教授說。在Weill Cornell Medicine和NewYork-Presbyterian / Weill Cornell醫(yī)療中心的醫(yī)學(xué)。“一項(xiàng)的測試不僅可以告知感染因子的存在,還可以告知是否存在組織損傷,這是個(gè)性化治療和使器官yi植更安全的重要一步。”
 
  對(duì)于共同*作者Darshana Dadhania博士,Weill Cornell Medicine醫(yī)學(xué)副教授和NewYork-Presbyterian / Weill Cornell醫(yī)學(xué)中心的腎臟病專家,該測試特別有助于診斷BK多瘤病毒(BKV)感染引起的損傷。Dadhania說,雖然25%至30%的腎移植受者的血液或尿液中含有病毒,但只有5%的人患有腎病或腎病。
 
  “在這次調(diào)查中,我們能夠證明,與單獨(dú)使用BKV復(fù)制的人和沒有BKV復(fù)制的人相比,BKV腎病患者的腎臟特異性無尿細(xì)胞DNA更高,這表明該檢測方法可用于監(jiān)測面對(duì)活躍的病毒復(fù)制和感染,腎臟受損,“Dadhania說。“這一點(diǎn)特別重要,因?yàn)閷?duì)于活躍的BKV復(fù)制沒有特定的治療方法。”

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