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通常，我們將把照明系統(tǒng)置于載物臺的上方，同時把物鏡置于載物臺下方的顯微鏡稱為倒置顯微鏡。這種顯微鏡大大加長了載物臺上放置樣品的高度，使其可放置各種培養(yǎng)皿、培養(yǎng)瓶等容器，這使得它更能夠輕松觀察活體細胞和組織。

  首先來說倒置顯微鏡的照明。倒置顯微鏡的照明系統(tǒng)是較為特別的，它通常借助于照明架和照明器座來被固定在載物臺上方，同時照明器座在照明架上的位置更隨著所使用的聚光鏡類型而有所不同。照明器座上一般都帶有濾片槽，用于相差觀察的相環(huán)槽以及一個光闌，而且它的上面更可以安裝照明器，下面也可以安裝長工作距離聚光鏡。通常倒置顯微鏡所使用的照明器為6 V/15W簡式照明器和12V/50W燈室，后者更能產(chǎn)生更強的照明光。同時兩種照明器都帶有調(diào)中螺旋，可以輕松進行燈的調(diào)中。普通的倒置顯微鏡一般使用的一種透射光照明器，而較為的倒置顯微鏡更配備了落射光照明器。
  一般將其照明器安裝在鏡臺的后側(cè)方，照明光線可通過物鏡由下方落射到標本上，使用者更可借助標本的反射光來觀察物體的表面結(jié)構(gòu)及立體形狀，所以可以說其更適于觀察活體微生物及懸浮細胞，同樣也適用于觀察巖石、礦物、晶體標本及金屬材料和部件的表面等。