5月8日, Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MKSCC)的科學(xué)家在Nature Medicine雜志發(fā)表一篇重量級文章,他們通過對上萬名晚期癌癥患者,300多種腫瘤進行了基因測序,并同時收集這些腫瘤病人的臨床、病理等各方面信息,并將這些信息公開在http://cbioportal.org/msk-impace上,以便*的研究人員能共享這些數(shù)據(jù)與信息。
MSK-IMPACT,一種新型的基因捕獲測序
此研究是基于MSK-IMPACT (Integrated Mutation Profiling of Actionable Cancer Targets)測序技術(shù)進行的,這是一種更靈活和全面的新型癌癥測序技術(shù),不僅適合當(dāng)前大部分腫瘤類型,而且還能夠檢測罕見的突變以及其他關(guān)鍵的遺傳變異。MSK-IMPACT是以二代測序(NGS)為基礎(chǔ),并結(jié)合癌癥基因的研究,選擇了341個關(guān)鍵的“癌基因”。研究人員通過對癌癥患者的這些“癌基因”區(qū)域測序,可以檢測到相關(guān)蛋白編碼區(qū)突變、拷貝數(shù)突變、啟動子突變和基因重排等基因突變。
Biomek FXp自動化工作站助力MSK-IMPACT高質(zhì)量測序文庫
研究人員將獲得的50-250 ng DNA先使用Biomek FXp自動化工作站進行濃度均一化在55uL 的TE緩沖液中,然后使用Covaris進行片段化。之后,再在Biomek FXp上進行一系列的酶反應(yīng)及純化,包括片段化、末端修復(fù)、加A堿基、接頭連接和PCR富集等(Kapa Biosystems),以獲得高質(zhì)量的測序文庫。
共享數(shù)據(jù)開啟醫(yī)療新局面
此項研究打開了MSKCC在臨床測序領(lǐng)域的一個“高潮”,300多種腫瘤,上萬名癌癥患者測序突變數(shù)據(jù)庫的建立與數(shù)據(jù)共享更是一個新的里程碑,讓測序數(shù)據(jù)不再只是堿基序列,而是存在巨大潛力的寶藏,造福*。
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