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用于結(jié)縷草三維模型重建的數(shù)字表型系統(tǒng)開發(fā)

來源:慧諾瑞德(北京)科技有限公司   2024年04月11日 07:40  

數(shù)字表型學,特別是植物三維模型的應用,是一種很有前途的高通量植物評價方法。盡管近年來已經(jīng)有許多相關(guān)研究發(fā)表,但還需要進一步研究以將其應用于育種研究和其他相關(guān)領(lǐng)域。在本研究中,我們利用自行開發(fā)的三維模型表型系統(tǒng),對包括三個品種和它們的雜交品種在內(nèi)的20個結(jié)縷草(Zoysia spp.)種質(zhì)進行了為期1年的重建和分析。采用具有三個隱藏層的人工神經(jīng)網(wǎng)絡有效去除非植物部分,同時保留使用裁剪方法錯誤刪除的植物部分,為三維模型的后處理提供了一種強大而靈活的方法。該系統(tǒng)還展示了使用基于紅綠藍(RGB)的植被指數(shù)準確評估高度、面積和顏色等多個性狀的能力。結(jié)果顯示,從體素三維模型得到的估計體積與干重之間存在很高的相關(guān)性,使其成為一種非破壞性測量植物體積的方法。此外,我們發(fā)現(xiàn)在控制照明條件下,基于RGB的綠紅歸一化差異指數(shù)與常用的歸一化差異植被指數(shù)類似。這些結(jié)果表明,三維模型表型學有助于促進植物育種,特別是在草坪和飼料作物領(lǐng)域。

 

圖1 數(shù)字表型圖像采集系統(tǒng):(A)采集箱;(B)進出傳送帶;(C)帶有PN532 RFID閱讀器的Arduino,用于花盆識別;(D)自動機械臂;(E)帶有攝像頭、旋轉(zhuǎn)臺和標記桿的采集箱內(nèi)視圖。

 

 圖2 三維模型的后處理方法的比較。(A)重建的三維模型;(B-D)裁剪方法;(E-G)分割方法。(B,E) (D, G)顯示保留的植物部分;(C, F)顯示去除的部分。(B)中的紅色虛線表示裁剪的區(qū)域。

 

圖3 數(shù)字估計性狀與人工測量的比較:(A)高度,(B)面積,(C)顏色,和(D)體積干重(僅第52周)。綠色方塊代表Z. japonica,藍色三角形代表Z. matrella,紅色星星代表Z. pacifica,黃色圓圈代表雜交品種組。黑線代表擬合的線性線。

 

 圖4. 使用三維(3D)估計性狀的生長分析與傳統(tǒng)方法相比。(A)根據(jù)三維模型估計的高度。(B) 手工測量的高度。(C) 從三維模型估計的面積。(D) 從俯視二維(2D)圖像分析得到的面積。(E) 根據(jù)三維模型計算的綠-紅歸一化差異指數(shù)(GRNDI)。(F) 手工測量的歸一化差異植被指數(shù)(NDVI)。(G) 根據(jù)三維模型估計的植物體積。綠色虛線代表Z.japonica "Mayer",藍色虛線代表Z.matrella "TM9",紅色虛線代表Z.pacifica "MZC46024",黃色虛線代表雜交組的 "Emerald"。

 

 

來 源

Pongpiyapaiboon S, Tanaka H, Hashiguchi M, et al. Development of a digital phenotyping system using 3D model reconstruction for zoysiagrass[J]. The Plant Phenome Journal, 2023, 6(1): e20076.

 

https://doi.org/10.1002/ppj2.20076

 

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