NIST RM 8375測(cè)序性能的微生物基因組標(biāo)準(zhǔn)品旨在用于微生物全基因組測(cè)序的驗(yàn)證、優(yōu)化、過程評(píng)估和性能評(píng)估。特別注意評(píng)估基因組序列。該材料旨在幫助評(píng)估高通量微生物 DNA 測(cè)序方法的性能。該基因組 DNA 已從細(xì)胞培養(yǎng)物中提取。
因?yàn)?RM 是提取的 DNA，所以它不評(píng)估 DNA 提取等分析前步驟。然而，它確實(shí)對(duì)測(cè)序文庫制備、測(cè)序機(jī)器、堿基調(diào)用算法和隨后的生物信息學(xué)分析提出了挑戰(zhàn)。此 RM 并非旨在評(píng)估其他生物信息學(xué)步驟，例如菌株鑒定、系統(tǒng)發(fā)育分析或基因組注釋?；蚪M DNA 的純度被評(píng)估為適合這些目的。
RM 8375 的一個(gè)單元由四個(gè)小瓶組成。每個(gè)小瓶包含不同的微生物基因組 DNA 樣本（MG-001 鼠傷寒沙.門氏菌 LT2、MG-002 金黃色葡萄球.菌、MG-003 銅綠假單胞菌和 MG-004 產(chǎn)孢梭菌）。
儲(chǔ)存和使用說明
儲(chǔ)存：NIST RM 8375測(cè)序性能的微生物基因組標(biāo)準(zhǔn)品 在 NIST 的 –20 °C 溫度下儲(chǔ)存，但將與冷凍包裝一起運(yùn)輸，并且可能不會(huì)冷凍到達(dá)。收到后，RM 8375 應(yīng)在 –20 °C 的黑暗中長(zhǎng)期儲(chǔ)存，或在 4 °C 的黑暗中短期儲(chǔ)存（如果使用時(shí)間可能在大約 8 周內(nèi)）。
用途：
建議使用基因組序列來評(píng)估變異調(diào)用的準(zhǔn)確性，而不是基因組組裝，因?yàn)檎粶y(cè)量方法對(duì)基因組序列結(jié)構(gòu)存在分歧，并且無法解決差異。由于與用于評(píng)估堿基調(diào)用準(zhǔn)確性的方法相關(guān)的復(fù)雜性以及基因組序列中的潛在錯(cuò)誤，強(qiáng)烈建議用戶手動(dòng)檢查具有高堿基調(diào)用錯(cuò)誤率的推定區(qū)域周圍的對(duì)齊讀數(shù)。參考文獻(xiàn) 3 概述了評(píng)估微生物基因組中變異調(diào)用的最佳實(shí)踐。
這些組件基于來自多種測(cè)量方法的數(shù)據(jù)；我們使用多種正交方法對(duì)材料進(jìn)行了評(píng)估，以盡量減少與各個(gè)平臺(tái)相關(guān)的系統(tǒng)誤差的影響。這些數(shù)據(jù)可在國(guó)家生物技術(shù)信息中心 (NCBI) 序列讀取檔案 (SRA) 中以生物樣品 SAMN02854572、SAMN02854573、SAMN02854574 和 SAMN02854575 的 MG-001、MG-002、分別為 MG-003 和 MG-004 [4]。隨著測(cè)序技術(shù)和分析方法的改進(jìn)，基因組序列將更新并在 Github 站點(diǎn)上可用（參見上文“信息價(jià)值”）。新版本號(hào)將指示更新的基因組序列以及描述更改的文本文件。在參考基因組中發(fā)現(xiàn)錯(cuò)誤的用戶可以將他們的結(jié)果發(fā)布在參考 5 所示的網(wǎng)站上，確認(rèn)的錯(cuò)誤將被納入下一次序列更新中。
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