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多肽合成儀主要以固相合成為反應(yīng)原理，在密閉的防爆玻璃反應(yīng)器中使氨基酸按照已知順序不斷添加、反應(yīng)、合成，操作最終得到多肽載體。固相合成法能夠大大減輕每步產(chǎn)品提純的難度，并且為了防止副反應(yīng)的發(fā)生，參與反應(yīng)的氨基酸的側(cè)鏈都是保護(hù)的，羧基端是游離狀態(tài)，并且在反應(yīng)前必須要先活化處理。
多肽固相合成法是多肽合成化學(xué)的一個(gè)重大的突破，其最大特點(diǎn)是不必純化中間產(chǎn)物，合成過程能夠連續(xù)進(jìn)行，從而為多肽合成的自動(dòng)化奠定了基礎(chǔ)。
多肽合成儀能夠有效避免人手工操作對(duì)人體的傷害(傷害來源有試劑腐蝕)，并且由于程序化設(shè)定，可以保證每步驟偶合反應(yīng)的充分性以及實(shí)驗(yàn)整體的穩(wěn)定性，多肽合成儀還能在休息時(shí)間不間斷進(jìn)行合成工作。國內(nèi)外相關(guān)研究人員使用多肽合成儀進(jìn)行的有效研究結(jié)果還能為進(jìn)行多肽合成實(shí)驗(yàn)的學(xué)生們提供研究數(shù)據(jù)并使其模擬合成過程，更好的體驗(yàn)機(jī)械操作多肽合成的全步驟，檢測自己的合成結(jié)果。
多肽合成儀還能夠用于合成各種蛋白質(zhì)與多肽，進(jìn)行蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)、功能以及體外相互作用、免疫學(xué)等方面的研究，包括合成漢坦病毒核衣殼蛋白抗原多肽片段以及多肽類藥物的研制。
多肽合成的基本步驟：
1.基于Fmoc化學(xué)合成，將所要合成的目標(biāo)多肽的C-端氨基酸的羧基以共價(jià)鍵形式與一個(gè)不溶性的高分子樹脂相連；
2.以這一氨基酸的氨基作為多肽合成的起點(diǎn)，同期的氨基酸中已經(jīng)活化的羧基作用形成肽鍵；
3.不斷重復(fù)過程，從而得到目標(biāo)多肽。
多肽合成儀常見問題：
1、做免疫用的多肽多長為合適?
一般10-15個(gè)氨基酸，當(dāng)然長一些免疫效果好一些，不過合成費(fèi)用會(huì)上去。10aa以下的多肽免疫效果比較差。
2、免疫用多肽的純度要很高嗎?
純度高當(dāng)然好，但是純度越高代價(jià)也越高。但是如果純度為90-95%的多肽能產(chǎn)生抗體，65-75%純度的多肽，一般也不會(huì)失敗。
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