當(dāng)前位置:上海古朵生物科技有限公司>>公司動態(tài)>>什么是基因過表達、干擾或基因敲除?應(yīng)該怎么選擇?
細胞:過表達就是把基因上調(diào)表達,即該基因被過度的轉(zhuǎn)錄、翻譯,終基因表達產(chǎn)物超過正常水平。做過表達要比做干擾難度高一些,過表達需要表達出長鏈的 mRNA,這一點比較困難,而干擾只需表達出短片段的 shRNA 即可。
一般情況下,如果本身就是高表達,你再做過表達就比較困難,某種程度上干擾更為重要,想說明一個基因?qū)τ谝粋€事件是必須的,只有把它拿掉,事件終止(或程度減弱),才比較有說服力。但是,如果你的基因在細胞中基礎(chǔ)表達本身就不高的話,還是有必要來選擇過表達實驗來對其表型進行驗證的,否則實驗會受到質(zhì)疑。
關(guān)于下調(diào)基因表達,一般來說干擾穩(wěn)轉(zhuǎn)株能滿足實驗所需。但是,干擾穩(wěn)轉(zhuǎn)株不能控制 shRNA 插入染色體的位置,染色體上的 shRNA 有時會丟失,另外 shRNA 也有脫靶效應(yīng),可能干擾了其他未知基因。還有就是,shRNA 是與目的基因的 mRNA 作用而使之降解,是在 RNA 水平上的降低目的基因的表達。
此時,基因敲除穩(wěn)轉(zhuǎn)株可以很大程度上規(guī)避這個問題。因為基因敲除穩(wěn)轉(zhuǎn)株是在基因組水平上通過基因序列的改變使其基因功能喪失,在敲除細胞中通常不會檢測到靶蛋白的表達,而且敲除效果穩(wěn)定,不能恢復(fù),也就是yong久性敲除了。但是基因敲除穩(wěn)轉(zhuǎn)株缺點是操作周期長,費用多,效率低。如何選擇基因下調(diào)表達的方式,就要綜合考慮了。
那么同樣是穩(wěn)定株,單克???混合克???要怎么選?
細胞:當(dāng)需要去除細胞群體干擾因素的時候,*使用單克隆穩(wěn)定細胞株,其基因組背景相對單一,對實驗結(jié)果干擾因素小。當(dāng)進行系統(tǒng)生物學(xué)研究時,需考慮細胞群體因素,同時也是由于不同細胞個體差異大,而且不同整合位點的單克隆細胞株表現(xiàn)出來的細胞行為可能不一致,所以許多實驗使用混合克隆株更能去除細胞間差異造成的干擾。因此,選擇單克隆細胞株還是混合克隆細胞株,需要根據(jù)實驗?zāi)康亩ā?/span>
好極了,怎么判別篩選的穩(wěn)定株是單克隆呢?
細胞:如果外源片段含有熒光標記,可以直接使用流式細胞儀檢測其熒光是否均一;如果還有其它標簽,可以進行免疫熒光標記,再使用流式細胞儀觀察熒光分布是否出現(xiàn)均一峰值;
如果外源片段不含任何標簽或者熒光標記,則可以使用分子生物學(xué)比如 Southern Blot 的方法鑒定; 還可使用 96 孔板稀釋法篩選,得到的陽性克隆一般是單克隆。
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