細胞株構建是生物學常用的工具之一,也是很多項目的關鍵步驟,構建一個好的細胞株也就成功了一半。但目前我們可能更多關注的是下游的細胞實驗,例如獲得的構建好的質(zhì)粒轉(zhuǎn)染、富集、篩選、優(yōu)化及放大等等。而且已經(jīng)有很成熟的自動化設備來幫助我們進行相應的液體操作,包括貝克曼也有全套的自動化解決方案。但這些前提都是我們獲得了一個優(yōu)質(zhì)的質(zhì)粒。如果不是呢?
那我們該如何快速又系統(tǒng)的設計我們想要的細胞株呢?如何提高細胞株效能,降低風險?有如何利用有限的資源更快的做更多的測試?
基因-蛋白-細胞,系統(tǒng)化設計
非常幸運的是,分子生物學和生物信息學技術的發(fā)展,給了我們從基因、蛋白、細胞層面等系統(tǒng)設計的可能,各種新的思路和新的技術,如基因組裝、基因編輯、PCR、NGS測序技術和TXTL無細胞表達系統(tǒng)等技術可以幫助我們開展測試。
Echo微量化,顯著降低成本,讓新技術更經(jīng)濟
系統(tǒng)化的設計必然會帶來更大的樣本量,從而導致更高的費用,這也是大家對新技術和多因素考慮一個望而卻步的原因。Echo采用聲波的能量進行無接觸式移液,且每滴液滴僅為2.5nL或25nL,因此可以直接省去吸頭耗材的消耗,也可以將檢測反應體系降低5-100倍,使成本急劇下降。
Echo快速任意孔到任意孔移液,加快組裝,使結果更一致
在基因組裝中將不同的DNA片段混合,在檢測反應中將不同的成本組合,在NGS文庫構建過程中將多個文庫pooling到一起,在CRISPr基因編輯中構建sgRNA文庫等等,都需要進行快速、變化體積、靈活加樣,這也是傳統(tǒng)移液工作站很難突破的一點,往往也要1小時甚至幾小時才能完成。聲波移液技術Echo的任意孔到任意孔的快速移液特點則讓此類應用簡單、快速化,僅需幾分鐘即可,大大優(yōu)化工作流。
Echo加樣精準,提高克隆效率
使用Echo進行微量化DNA組裝,可以在構建更低的情況下獲得更高的轉(zhuǎn)化效率。在Gibson組裝中,反應體系500nL和1000nL時轉(zhuǎn)化效率不差于手工操作20uL,反應體系降低40倍;在Golden Gate組裝中,表現(xiàn)更佳,反應體系低至50nL時轉(zhuǎn)化效率就不差于手動操作7.5uL,反應體系可降低150倍。
Echo以微量化、納升精準化、快速任意孔到任意孔移液,加快細胞株開發(fā)
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Reference:
Smart DNA Fabrication Using Sound Waves: Applying Acoustic Dispensing Technologies to Synthetic Biology. Kanigowska et al. Journal of Laboratory Automation 1–8, 2015.
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